Sobald man die Prozeduren der Charaktereinstellung, die mit einer Art bürokratischer Registration verbunden ist, überstanden hat, erhält man ein Paket mit Missionsbefehlen. Die erste Aufgabe des Spielers besteht darin, einem gewissen Caius Cosades in Balmora diese Sendung zu überbringen. Cosades nimmt dann den Spieler als Schüler auf und vergibt einige Aufträge. So lüften sich nach und nach weitere Geheimnisse rund um das Verschwinden der Dwemer (Zwerge), einen mysteriösen Nerevarine-Kult, der die Wiedergeburt des Helden Nerevar erwartet und man erfährt, was wirklich in der ersten Ära bei der Schlacht am Roten Berg geschehen ist. Im weiteren Verlauf wird bekannt, dass die Entlassung aus dem Gefängnis nicht zufälliger Natur war, sondern vom Kaiser von Cyrodiil, Uriel Septim, erwirkt wurde. Der ist davon überzeugt, dass die Bedrohung durch Dagoth Ur nur von dem wiedergeborenen Nerevar ausgeschaltet werden kann und der Freigelassene selbst Teil eines viel größeren Konstruktes ist. Der Tempel der Tribunalgötter (Vivec, Almalexia und Sotha Sil), welche die Hauptreligion in Vvardenfell stellen, hält die Erfüllung der Nerevarineprophezeihung für pure Ketzerei.
Während des Spiels sind diverse Rätsel zu lösen und Aufgaben zu erfüllen, so wie die sieben Prüfungen des Nerevars zu bestehen. Gleichzeitig wächst die Macht des bösartigen Halbgottes und Herren des sechsten Hauses, Dagoth Ur, der in seiner Zitadelle auf dem Roten Berg, einem Vulkan in der Mitte der Insel, auf den Spieler wartet. Eingesperrt im Geisterwall hofft er darauf, dass der Nerevarine ihm bei der Erfüllung seines teuflischem Werkes hilft.
Auch hier ist es nur eine von vielen Möglichkeiten, der Hauptqueste zu folgen. Als Alternative oder Ergänzung bieten sich Mitgliedschaften in einer Vielzahl von Gilden; der Kriegergilde, Magiergilde, Diebesgilde, einem von 3 Fürstenhäusern (Hlaalu-Händler, Redoran-Krieger, Telvanni-Magier), den Klingen (Spionageorden des Kaisers), der Kaiserlichen Garde, dem Kaiserlichen Kult, dem Tempel oder der Morag Tong (Attentäterorden).
Zu diesen „fixen“ Mitgliedschaften, gibt es aber auch noch die Möglichkeit, sich „der Zwillingsfackel“ (einer Anti-Sklaven-Bewegung) anzuschließen, den verschiedenen Daedra-Göttern Opfer (durch Questen) zu bringen oder sich mit dem „Vampirismus“ anzustecken und dann für seinen Clan (Krieger, Magier oder Diebe) einige Questen zu erledigen. Es ist möglich, allerdings nicht immer ganz ohne Komplikationen, all diesen Gilden gleichzeitig anzugehören, da sie nicht nur unterschiedliche, sondern in späterem Spielverlauf entgegengesetzte Ziele haben (so führt z. B. der Anführer der Kriegesgilde einen persönlich motivierten Feldzug gegen die Diebesgilde, oder die Magiergilde gegen das Fürstenhaus Telvanni) oder vom Zeitverlauf beeinflusst werden (z. B. betrachtet euch der Tempel als Ketzer, sofern ihr euch bereits als Wiedergeburt des Nerevarine bezeichnet). Trotzdem kann man letztlich Anführer jeder dieser Gilde werden. Zusätzlich gibt es noch allerlei freie Questen.
Viele der Gilden bieten auch noch besondere Vorteile und Möglichkeiten, da der Spieler die Welt von Morrowind aktiv mitgestaltet. So ermöglichen z. B. die Fürstenhäuser das Errichten eines eigenen Hauses, das bis zur schwer bewachten Festung ausgebaut werden kann.
Im Add-on Tribunal versucht eine Attentäter-Vereinigung, die „Dunkle Bruderschaft“, die Spielfigur umzubringen. Deren Spur führt den Spieler in die neue Stadt Gramfeste (Mournhold), die Hauptstadt Morrowinds, wo er mitten in den Machtkampf zwischen König Helseth und der Göttin Almalexia verwickelt wird. Die Stadt selbst ist nicht direkt in die Hauptwelt des Spieles eingebaut. Sie ist nur per Teleporter zu erreichen und von einer unüberwindlichen Mauer umgeben.
Im Verlauf des zweiten Add-ons Bloodmoon gelangt die Spielfigur auf die nordwestlich der Hauptwelt Vvardenfell gelegene Insel Solstheim. Dort treiben Werwölfe ihr Unwesen und im Verlauf des Spiels ist die Wahl zu treffen, diese zu bekämpfen oder sich selbst in einen solchen zu verwandeln und das Spiel in dieser Form fortsetzen. Eine zweite Handlungslinie dreht sich um die Errichtung und Gestaltung einer Minenkolonie. Des Weiteren gibt es eine Reihe von neuen und innovativen Nebenquests.
Insgesamt ist es aber nicht notwendig, der Geschichte des Spiels zu folgen. Die Welt von Morrowind kann unabhängig von der Haupthandlung frei erkundet werden. Ein Aufstieg zum Meister einer der verschiedenen Gilden ist durch das Erledigen der vielfältigen Aufgaben jederzeit möglich. Unter anderem sind überall in der Spielwelt besondere Artefakte zu finden, Unikate mit besonderer Macht.
